Rasa ta powstała ponad 200 lat temu w surowych warunkach tajgi syberyjskiej.

Pierwsze pisemne wzmianki o kotach, podobnych do syberyjskich, pojawiły się w XVI wieku. Mówiły o dużych, masywnych zwierzęta o dużej głowie i długiej szyi, które nazywano wówczas bucharskimi. (Nazwa ta zachowała się do dzisiejszych dni na Powołżu i za Uralem.) Koty te spotykało się na całym terytorium Imperium Rosyjskiego. W jaki sposób pojawiły się one na Syberii trudno powiedzieć, gdyż pierwotni mieszkańcy Syberii, zajmujący się głównie łowiectwem, ochronę przed myszami i szczurami powierzali łajce syberyjskiej. Koty domowe musieli więc sprowadzić przesiedleńcy z części europejskiej, zasiedlający nowe syberyjskie obszary. Inna z hipotez mówi, że być może pojawiły się one w okresie aktywnego handlu z krajami azjatyckimi, przedostając się na Syberię z karawanami kupieckimi lub jako prezenty dla dostojników.

Gen długiej sierści został przypuszczalnie wniesiony do populacji kotów syberyjskich przez koty angorskie jeszcze w czasach imperium Wielkich Mogołów. Koty były wywożone z Buchary nie tylko na wschód i na Syberię, ale również za zachód, skąd dzięki wikingom trafiły z dorzecza Wołgi do Skandynawii, dając początek kotom norweskim. Niewątpliwie wspólni przodkowie są  przyczyną występowania w populacji syberyjczyków osobników o tzw. typie norweskim.

Swoją rolę w powstaniu rasy odegrały też bezspornie dzikie koty (leśne i stepowe), które niezależnie od woli człowieka swobodnie krzyżowały się z kotami domowymi. W ten sposób pod wpływem surowego klimatu stopniowo kształtował się duży, dobrze umięśniony kot o długim włosie okrywowym i z gęstym podszerstkiem. Do dzisiaj w kraju ussuryjskim i regionie Amurskim zdarzają się wśród kotów domowych przypadki urodzin kociąt po kotach leśnych, które dorastając przekształcają się w 8-10 kilogramowe dziko umaszczone osobniki, stanowiące prawdziwy ideał "syberyjczyka" o potężnym leśnym wyglądzie i domowym charakterze.

Na zachodzie pierwsze wzmianki o kocie syberyjskim datuje się na rok 1925: w encyklopedii przyrodniczej Alfreda Brehma "Brehms Tierleben" zamieszczono informację o przywiezionym z Syberii wyjątkowo dużym rudym kocie o długiej sierści.

Pierwszy standard rasy o kodzie SIB został zatwierdzony przez Radziecką Federację Felinologiczną dopiero w 1989 roku, a dwa lata później rasa została zarejestrowana przez WCF, w ślad za którą poszły inne organizacje felinologiczne.

FIFe oficjalnie uznała rasę kota syberyjskiego w maju 1997 roku. Kotami, które posłużyły za wzorzec przy opracowywaniu standardu, były Guelious Onix Gloria (SIB n 23) i Tzarevna Tzetzilia Selinger (SIB n 21).